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• select() : MoleculeSet, Molecule
• selectAll() : MoleculeSet
• selectByActivity() : MoleculeSet
• selectByFloatDescriptor() : MoleculeSet
• selectByIntDescriptor() : MoleculeSet
• selectByMW() : MoleculeSet
• selectByNumAtoms() : MoleculeSet
• selectHasActivity() : MoleculeSet
• selectRingMemberBonds() : MoleculeUtils
• setActivity() : MoleculeSet, Molecule
• setAdjacency() : Molecule
• setAN() : Atom
• setComment() : Descriptor< T >
• setComparisonSet() : MoleculeSet
• setCoordinates() : Atom
• setElementSymbol() : Atom
• setEmpty() : Descriptor< T >
• setFlag() : Bond
• setFlagOriginal() : Bond
• setFloatDescriptor() : DataContainer
• setHasSSSR() : Molecule
• setID() : Ring
• setIdInMolecule() : Atom
• setIntDescriptor() : MoleculeSet, DataContainer
• setKashimaKernelParam() : MoleculeSet
• setKashimaKernelProb() : Molecule
• setKashimaPQ() : Node
• setKashimaPS() : Node
• setKashimaPT() : Bond
• setLabel() : Node, Descriptor< T >
• setMorganChargeLabel() : Atom
• setMorganChargesLabels() : MoleculeSet, Molecule
• setMorganLabel() : Atom
• setMorganLabels() : MoleculeSet, Molecule
• setName() : Molecule
• setNotUsed() : Bond
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• setPerretLabel() : Bond, Atom
• setPerretLabels() : Molecule
• setReactionCenter() : Bond
• setRPosition() : Node
• setSelfKernel() : Molecule
• setSortDescriptor() : MoleculeSet, Molecule
• setStereo() : Bond
• setStringDescriptor() : DataContainer
• setTopology() : Bond
• setType() : Atom
• setUniqueMorganIndex() : Atom
• setUniqueMorganIndices() : MoleculeSet, Molecule
• setUnit() : Descriptor< T >
• setValue() : Descriptor< T >
• setVisited() : Atom
• setWalks() : Molecule
• skipMDLEntry() : MoleculeUtils
• slashToUnderscore() : StringUtils
• sortByDescriptor() : MoleculeSet
• sortByMW() : MoleculeSet
• sortByNumAtoms() : MoleculeSet
• Split() : StringUtils
• substractSet() : MoleculeUtils
• substractToGram() : MoleculeSet
• substractToSelfKernel() : Molecule
• sumPQPS() : Molecule
• sumPQPSFast() : Molecule
• sumProbabilities() : Molecule
• sumProbabilitiesFast() : Molecule
• sumPT() : Molecule

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