- a -

• activity : Molecule
• activitySet : MoleculeSet
• adjacency : Molecule
• an : Atom
• atoms : Molecule

- b -

• BFSBondVector : Atom
• BFSVector : Atom
• bonds : Ring, Atom

- c -

• chiral : Molecule
• comment : Descriptor< T >, CError
• comparisonSet : MoleculeSet
• componentSizes : Molecule
• convergenceCondition : MoleculeSet
• counter : Molecule, Atom

- e -

• empty : Descriptor< T >

- f -

• fastPQ : Molecule
• fastPS : Molecule
• fastPT : Molecule
• fastPTNext : Molecule
• fastPTSave : Molecule
• flag : Bond
• flagActivity : Molecule
• flagElement : DataContainer
• flagHasCoordinates : Atom
• flagHasPq : Node
• flagHasPs : Node
• flagHasSSSRDetected : Molecule
• flagOriginal : Bond
• floatDescriptors : DataContainer

- g -

• genericAtomType : Atom
• gram : MoleculeSet
• gramAtom : Elements
• gramAtomName : Elements
• gramCalculated : MoleculeSet
• gramNormal : MoleculeSet

- h -

• hiddenAtoms : Molecule
• hiddenBonds : Atom

- i -

• id : Ring, Molecule, Atom
• idInMolecule : Atom
• intDescriptors : DataContainer

- k -

• kindFloatDescriptors : DataContainer
• kindIntDescriptors : DataContainer
• kindStringDescriptors : DataContainer

- l -

• label : Node, Descriptor< T >, Bond
• location : Molecule

- m -

• maxMorganIteration : Molecule
• morganIndex : Atom
• morganLabel : Atom

- n -

• notUsed : Bond

- o -

• originalFormat : Molecule

- p -

• partialCharge : Atom
• periodicTable : Elements
• perretLabel : Bond, Atom
• pq : Node, MoleculeSet
• ps : Node
• pt : Bond

- r -

• reactionCenter : Bond
• rings : Bond, Atom
• rPosition : Node

- s -

• selectedFlag : Molecule
• selfKernel : Molecule
• selfKernelCalculated : Molecule
• sortDescriptorName : Molecule
• sortDescriptorType : Molecule
• source : Bond
• sssr : Molecule
• stereo : Bond
• stringDescriptors : DataContainer
• subsetSize : MoleculeSet
• subsetStart : MoleculeSet

- t -

• target : Bond
• topology : Bond
• type : Atom

- u -

• uniqueMorganIndex : Atom
• unit : Descriptor< T >

- v -

• value : Descriptor< T >
• visited : Atom

- w -

• walks : Molecule
• why : CError

- x -

• x : Atom

- y -

• y : Atom

- z -

• z : Atom

---